Nesta 1ª Fase classificam-se os 4 primeiros colocados de cada grupo. Os dois últimos do Grupo 1 e do Grupo 2 estarão rebaixados para a Série A3 em 2012. Os 8 clubes classificados para a 2ª Fase formarão 2 grupos de 4, sendo que o campeão e o vice de cada um desses grupos estarão na Série A1 em 2012*. O título da Série A2 em 2011 será decidido entre os campeões dos Grupos da 2ª fase, com jogo único decisivo na casa do time de melhor campanha nas duas fases anteriores. Os critérios de desempate são, respectivamente: 1) Maior número de vitórias; 2) Maior saldo de gols; 3) Maior número de gols marcados; 4) Menor número de cartões vermelhos recebidos; 5) Menor número de cartões amarelos recebidos; e 6) Sorteio público realizado na sede da Federação Paulista de Futebol.

*A equipe do Palmeiras B não poderá jamais estar na mesma categoria da equipe principal do Palmeiras, desse modo, caso conquiste a vaga para a Série A1 e a equipe principal do Palmeiras nela mantenha-se, automaticamente estará classificada para a Série A1 a equipe 3ª Colocada do grupo onde estava o Pameiras B.